1〜11巻：神の雫登場ワインリスト

神咲雫登場。父親の神咲豊多香が亡くなり、その遺言により12本の偉大なワイン「十二使徒」と、その頂点にたつ幻の１本「神の雫」を探すことに。若手大物ワイン評論家の遠峰一青と、遺産をかけたワインの戦いが始まる。
雫の高い打点からのデキャンタージュや、犬並みの嗅覚などを初披露。紫野原みやび、土肥ロベール、美島社長も登場。

美島社長とアンヌ編解決。遠峰一青が土を食べてテロワールを理解する、天才の努力を垣間見るシーン。その後神咲邸で屋敷を賭けて、雫と一青によるムートンのテイスティング。
一青の妹セーラ登場。舞台は太陽ビールのワイン事業部へ。フランス対イタリアのワイン対決編開始。みやびが契約スタッフとしてワイン事業部に。本間長介、河原毛部長も登場。

マ・ファミーユ編開始。料理とワインのマリアージュ（結婚）がテーマ。遠峰一青を納得させるべく、雫はワイン探しに走る。
シャトー・ド・サン・コム　コート・デュ・ローヌ　レ・ドゥ・アルビオン、ルイ・ジャド・シャブリと生牡蠣などが登場。
ル・パンのおばさん、石河兄弟登場。

2,000円台のブルゴーニュ、3,000円台ボルドー左岸探し。そしてイタリア対フランスワイン対決編完結。
間に西園寺マキからの挑戦状。イベントで「仮面舞踏会」のワインを選び大勝利。そのままフランスワイン3,000円台として、イタリアワインにも勝利。いよいよ第一の使徒編開始。

記憶喪失のカオリとブルゴーニュ編。美島の店でテイスティングを繰り返すことで使徒に近づく雫。雫が選んだワインでカオリは記憶を取り戻す。一方一青は山寺で住職との問答と利き水で使徒を探す。

第一の使徒編完結。本間とカトリーヌの恋の物語を挟んで、高杉部長との五大シャトー対決。同じヴィンテージで五大シャトーを超えるワインたちを探すことに。
オーブリオン、ムートン、ラトゥール、ラフィット、マルゴーなど、豪華なワインが勢揃い。

ロベール紹介のワインスクールにて、飲み残しのボルドー左岸ワインをテイスティング。プラス、藤枝のワインバー「モノ・ポール」にてヒントを得、五大シャトーへの対抗馬を決める。結果は五大シャトーに大勝利で高杉改心。
藤枝と昔の恋人「秋絵」のお話を挟んで、第二の使徒編開始。このワインはモナリザである。

雫：ワインとミステリー、夏八木舞子編。
一青：タクラマカン砂漠でローランとの出会い。
第二の使徒編完結。ワイン事業部に新たなメンバー配属。ワイン嫌いのイマドキ社員、木戸が登場。

豊多香の別荘のカーヴにて。コレクションの一端を垣間見、そこで見つけたワインで、ワイン嫌いの木戸が開花。
続いてもう一人のワイン事業部メンバー川俣。その娘の千香とフランス人の婚約者ジャンの話へ。ジャンの父親の純血主義を、単一種によるワインと国際結婚にかけ合わせたストーリー。
他、亡くなった雫の先輩のショートストーリー。

第三の使徒編。雫は女優の松下七海にワインを飲ませるミッションを達成し、映画監督の黒川からシャトー・ペトリュスのグレートヴィンテージを飲ませてもらう。さらに豊多香の長野軽井沢の別荘にて、V.V.（ヴィエーユ・ヴィーニュ）のヒントをつかむ。
一方一青は、ローランと一緒にスイーツ探しへ。駄菓子にたどり着く。

第三の使徒編完結。ジゴンダスに絞った雫とシャトーヌフ・デュ・パプに決めた一青。どちらも間違う。その後、雫はワインコルクのオブジェから、追い詰められた一青は、一晩借り切った遊園地から使徒へたどり着く。
河原毛部長と屋台のワインバーで反省会。